Se encuentran aquí todos los archivos del Sistema X-Windows. Para simplificar el desarrollo y la instalación de X, sus archivos no fueron integrados dentro del resto del sistema. Existe un árbol de directorios bajo /usr/X11R6 similar al que está bajo /usr.

En este directorio se encuentran la gran mayoría de los comandos para los usuarios. Algunos otros comandos pueden encontrarse en /bin o en /usr/local/bin.

Comandos para la administración del sistema que no son necesarios en el sistema de archivos raíz, como por ejemplo la mayoría de los programas que proveen servicios.

Páginas de manual, documentos de información GNU, y archivos de documentación de los programas instalados.

Archivos cabecera para el lenguaje de programación C. Estos deberían estar de hecho debajo de /usr/lib por coherencia, pero tradicionalmente se ha apoyado de forma mayoritaria esta ubicación.

Archivos de datos de programas y subsistemas que no sufren cambios, incluyendo algunos archivos de configuración globales. El nombre lib viene de librería; originariamente las librerías de las subrutinas de programación se almacenaban en /usr/lib.

Es la ubicación para el software instalado localmente y para algunos otros archivos. Las distribuciones no deben colocar archivos bajo este directorio. Se reserva para ser utilizado únicamente por el administrador local del sistema. De esta manera, aquel se asegura totalmente de que ninguna actualización de su distribución sobreescribirá el software que él mismo haya instalado localmente.